由于四川拥有众多军工厂，尤其核子军工业是否在这次大地震中受损，广受媒体关注。位于震区的绵阳号称西部科技城，是中国工程物理研究院所在地。中国工程物理研究院简称‘核九院’，是中国唯一的核武器研究院，下设十二个研究所，分别在北京、上海、江油，其他九个所和院机关都设在绵阳，九院有一百余个科研室及三十多个生产车间和各类先进的设备仪器，主要从事冲击波与爆轰物理、核子物理、工程材料学、电子学与光电子学、化学与化工。此次地震后，中国总参作战部副部长空军少将马健虽未否认九院有专家人员伤亡，但强调核设施安全无损。中国环境保护部部长周生贤二十日表示，此次四川特大地震掩埋了三十二枚核放射源，但目前已回收了三十枚。剩余的二枚已探测到具体位置并在周边划定了安全防护距离，设置了安全警戒。
而处于地震重灾区的绵竹汉旺镇拥有东方汽轮机有限公司，部分厂房在地震中损毁。该公司原为东方汽轮机厂，是中国研究、设计和制造大型电站汽轮机的高新技术核心企业，是中国三大汽轮机制造基地之一。同样位于重灾区的安县拥有全亚洲最大的风洞群，该风洞群也在此次地震中受损。
上世纪六十年代，北京因为担心美苏入侵，开始‘三线建设’。三线包括四川、贵州、云南、甘肃等，在此区域内进行以战备为主的大规模国防、科技、工业和交通设施建设。
